El Ayuntamiento o Casa Consistorial se alzó en lo más alto del Castillo de Molina, frente por frente de la primitiva Iglesia Parroquial. Se llamaba Casa-Lonja por celebrarse seguramente en sus atrios el mercado.
Lugar indicado para transacciones, tratos, subastas, colocación de edictos etc. Estuvo instalada allí desde 1266.
En 1773 se construyó en el Ayuntamiento una torre para colocar en ella el reloj público y una hermosa campana.
Estaba fabricada con el metal de un cañón viejo del Castillo de Mula que regaló el Marqués de los Vélez, Señor de esta Villa. Esta campana lleva el nombre de Bárbara y fue trasladada a la torre de la parroquia nueva de la Asunción.
La maquinaria del reloj fue traída de un convento de Orihuela y se pagó la cantidad de tres mil reales de vellón.
El Archivo Municipal estaba en la Casa-Lonja o Ayuntamiento y en 1845 se trasladó a la Casa del Pósito (actual Biblioteca Mercedes Mendoza).
Esto fue por ofrecer pocas seguridades la Casa-Lonja. También se estableció en la Casa del Pósito la Casa Consistorial.
En 1882 se derribó de golpe la Casa-Lonja situada en el Castillo, matando al caer a José García, de 25 años, que se hallaba en el patio de su casa lindante.
En 1880 se construyó la Casa Consistorial en la calle Zabálburu, en una propiedad del Ayuntamiento y para su arreglo se tuvo que hacer una hipoteca a favor de la Casa Zabálburu que adelantó el dinero preciso para dicha operación.
En 1938 el Casino de Molina de Segura se habilitó para Casa del Pueblo(Ayuntamiento).
A principios de la década de los 80 el Ayuntamiento de Molina se instaló en unos locales frente al Instituto de Enseñanza Media (Vega del Thader).
Mientras se construía un nuevo edificio para el ayuntamiento. El de la calle Zabálburu y luego calle Nueva estaba en ruinas.
El edificio actual del Ayuntamiento es obra del arquitecto Plácido Cañadas. Inaugurado en 1987,su forma de locomotora sugiere el empuje necesario para mantener Molina en plena marcha vital.
